在western Blot過程中，蛋白Marker雖然是其中小小的一環，但是這個小細節對實驗結果的影響不可忽視。Marker在蛋白電泳中的作用主要是用來指示蛋白條帶所對應的分子量大小，只有標準量精確無誤，實驗結果才有說服力。此外， Marker還能顯示轉膜是否成功以及蛋白在凝膠上的電泳程度的作用。因此選擇正確的蛋白Marker也是western blot實驗成功的必要條件之一。總體來說，蛋白分子量標準可以分成未染蛋白分子量標準、預染蛋白分子量標準二個級別。
未染色的蛋白分子量標準
未染色的蛋白分子量標準是zuijiandan，也是最準確的一種。由于沒有附帶染料分子或者是標記分子，所示大小正好是蛋白原本的大小，是精確判斷蛋白大小必須的。未預染的Marker可分為寬分子量蛋白標準、高分子量蛋白標準以及低分子量蛋白標準。
① 寬分子量蛋白標準
如果從實驗的整體考慮的，就選擇范圍盡量寬條帶分布比較均勻的，這樣容易判斷你的蛋白在哪個區間。不過蛋白marker條帶越多，每次上樣量也就越費。如果買的是大包裝，建議分裝成小體積使用，多次反復凍融不利于蛋白marker的保存和繼續使用。
② 高分子量蛋白標準
通常在檢測大分子量蛋白經常使用到高分子量蛋白標準。
③ 低分子量蛋白標準
在一般的蛋白電泳當中，更常用的是低蛋白標準分子量，除了有指示蛋白大小的作用以外，有時還可以用作粗略的定量。特別小的蛋白Marker條帶如果要顯色好，一定要保證足夠的上樣量。
預染蛋白Marker
預染蛋白Marker是一些純化好的蛋白混合物，通過與染料共價耦聯，在電泳過程中或者轉膜時可以直接觀察到。預染蛋白分子量的出現方便了實驗，可以幫助我們在電泳時、電泳后以及轉膜后監測電泳情況和估計遷移率。由于預染蛋白Marker是與染料共價耦聯，所以在不同的緩沖條件下電泳時遷移特性可能會發生某些變化，可能導致一些偏差，所以不太適合精確定位蛋白。不過多數情況下Marker的條帶未必能和我們的目標蛋白wanquan一樣，我們得到的也不過是一種相對Marker指示的參考大小，最后都需要Western來定性，所以如果不是要區分大小相近的條帶，預染Marker還是很好用的，而且也可以和未染色的蛋白標準一起使用。
預染蛋白標準可以分為兩種：單色預染和多色預染，如果用多色的彩虹Marker跑出來五顏六色的蛋白條帶，在比較沉悶的電泳實驗中也能增添一抹亮色，此時在枯燥的實驗過程中心情也會愉快一些吧!
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